Je suis régulièrement les données scientifiques établies sur le Coronavirus dans Futura Science où des rédacteurs scientifiques écrivent de bons articles. Aujourd'hui, l'article concernant les derniers développements des recherches sur le sujet est signé Julie Kern.

Avec les cas de coronavirus identifiés dans les élevages de visons, la place de ce mustélidé dans l'émergence de la pandémie actuelle de Covid-19 est remise en question. Est-il l'hôte intermédiaire que les scientifiques recherchent ?

Comment le SARS-CoV-2 a-t-il fait son chemin jusqu'à l'Homme ? C'est une question qui n'a toujours pas de réponse claire. Ce qui semble le plus probable, en l'état actuel des connaissances, est que l'ancêtre du SARS-CoV-2, responsable de la Covid-19, évoluait dans les chauves-souris, notamment dans celles du genre Rhinolophus. À partir de là, le coronavirus a infecté une autre espèce animale, dans laquelle il s'est répliqué et a muté pour mieux s'y adapter. Au fil du temps et des contacts êtres humains-animaux, le coronavirus a franchi la barrière des espèces pour provoquer la pandémie actuelle.

Les recherches se concentrent aujourd'hui sur l'identité de cet hôte intermédiaire. Plusieurs hypothèses ont été formulées depuis le début de la pandémie, celle du pangolin étant la plus sérieuse. Les souches de coronavirus isolées de ce mammifère en danger d'extinction sont proches du SARS-CoV-2, mais trop éloignées pour en être les parents directs. Si ce n'est pas le pangolin, quel animal a donc joué le rôle d'intermédiaire entre les chauve-souris et l'être humain ? Beaucoup d'animaux sensibles à l'infection et en contact rapproché avec l'Homme pourraient avoir joué ce rôle.

Le virus a été isolé chez les chiens, les chats, les furets, ou encore chez des lions et des tigres vivant dans des zoos, et enfin chez des visons élevés pour leur fourrure.

Assez récemment, une flambée épidémique de coronavirus a été identifiée dans une ferme de visons au Danemark, conduisant à l'abattage de millions d'animaux. C'est aussi le cas en France. Des scientifiques des services sanitaires des Pays-Bas ont étudié des cas similaires dans leur pays. Là-bas, les premiers cas de contamination au SARS-CoV-2 liés aux fermes de visons ont été rapportés dès le printemps 2020. Grâce à une technique de séquençage génomique appelée WGS (whole genome sequencing), les scientifiques hollandais ont essayé de retracer l'histoire évolutive des souches isolées dans ces élevages.

Le vison, un hôte intermédiaire ?

Leur étude, publiée dans Science, porte sur les 16 premières fermes à avoir connu une flambée épidémique aux Pays-Bas. La première est intervenue le 23 avril 2020, alors que quatre des cinq employés de l'élevage ont eu des symptômes respiratoires. Le coronavirus a été isolé des visons après coup. Dans la seconde ferme inspectée, la flambée épidémique a été attestée le 25 avril 2020. Les huit employés ont été testés cinq jours plus tard, le 30 avril. Tous avaient des anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 dans le sérum.

Au total, les scientifiques ont obtenu 18 génomes exploitables, isolés des visons et des employés, provenant de sept fermes différentes sur les seize visitées. Les génomes ont été classés dans 5 clusters, notés de A à D en fonction de leur séquence. Par exemple, les coronavirus du cluster 1 ont en commun jusqu'à 9 polymorphismes nucléotidiques par rapport au coronavirus humain qui circule majoritairement aux Pays-Bas (dans un rayon de 19 km² autour des élevages). Certaines souches issues des visons portent la fameuse mutation D614G, le variant dominant en Europe, alors que d'autres montrent le même profil que le variant historique qui a infecté les premières personnes à Wuhan.

Les scientifiques avancent aussi une autre donnée : 68 % des employés dans les élevages de visons ont contracté la Covid-19. Dans 51 % des cas, ce sont des anticorps qui ont été identifiés et dans les 49 % restant, des tests PCR qui sont revenus positifs.

L'OMS enquête

Pourquoi les élevages de visons semblent-ils être si favorables à l'émergence du coronavirus ? Dans ces endroits, la densité animale est très importante. De plus, les visons peuvent éternuer, ce qui facilite la propagation d'une maladie respiratoire comme la Covid-19 entre les animaux et les Hommes. 

Sont-ils pour autant à l'origine de la pandémie mondiale ? S'il est impossible de conclure formellement à l'heure actuelle, la question mérite d'être posée. La Chine élève en masse ces animaux pour leur fourrure, mais aussi pour leur viande, des produits qui auraient pu être vendus sur le marché exotique de Wuhan, l'origine admise de la pandémie.

La Chine vient tout juste d'autoriser les scientifiques de l'Organisation mondiale de la Santé (OMS) à enquêter sur les origines du coronavirus sur son territoire. Ils devraient commencer leur travail jeudi, en espérant qu'ils amassent assez d'indices pour boucler cette enquête qui dure depuis un an maintenant.

Julie Kern

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J'ajoute, en ayant écouté un journaliste en parler, qu'il est probable que le gouvernement chinois (le Parti Communiste) a orienté les recherches sur le Pangolin (un animal à écailles et sans poils) au début de l'épidémie pour préserver le commerce du vison qui représente des milliards de dollars par an pour le pays...

Que n'arrête-t-on pas le commerce de cette petite espèce de mustélidés qui vit dans des conditions d'hygiène absolument terribles, eux qui sont élevés dans des cages à l'intérieur de hangars où s'introduisent les chauve-souris qui leur "chient" dessus !

Les Pays-Bas ont récemment ordonné la fermeture des élevages de visons d'ici à 2024 (ils en ont 165). En France, il n'en existe que 4 mais... c'est 4 de trop !

C'est Brigitte qui serait contente !

Vivement qu'on obtienne les résultats de cette enquête (si elle n'est pas à nouveau entravée par le gouvernement chinois...) et que la vaccination s'accélère !